使用离心机进行基于Spintip的简单集成的样品前处理技术应用于深度蛋白质组学

近年来，基于高灵敏度质谱分析方法的蛋白质组学技术获得广泛的关注和发展，其中，蛋白质样品前处理技术是关键的环节。南方科技大学的田瑞军副教授发明了简单集成的、基于填充了强阳离子交换（SCX）填料和C18膜的Spintip的样品前处理技术（SISPROT），应用于深度蛋白质组学研究。SISPROT技术使用离心机和移液枪即可在2小时内完成所有的蛋白质样品前处理操作，第一次将蛋白质样品前处理的所有操作步骤集成化，包括：蛋白样品的预富集、还原、烷基化、酶解、反相除盐和多肽的高pH值反相分级。应用该技术，作者可以在1.4小时的质谱时间内从2千个HEK 293T细胞中鉴定到1270种蛋白质；在22小时的质谱时间内从10万个HEK 293T细胞中鉴定到7826种蛋白质；并且重现性高（Pearson相关系数高达0.98），无标记定量（label-free quantification）分析精确。最后，作者使用SISPROT技术从10万个牙髓干细胞中鉴定到9078种蛋白质，其中3771种蛋白为膜蛋白，获得目前为止牙髓干细胞最大的蛋白质组数据集。我们相信，SISPROT技术将广泛应用在少于10万个细胞的深度蛋白质组学和翻译后修饰研究中。